Struktur Organisasi pada Inspektorat Kabupaten Magetan terdiri atas :
- Inspektur Kabupaten Magetan
- Sekretaris, yang membawahi :
- Sub Bagian Administrasi dan Umum
- Sub Bagian Perencanaan
- Sub Bagian Evaluasi dan Pelaporan
- Inspektur Pembantu
- Kelompok Jabatan Fungsional .
